რელიგიის საკითხთა სახელმწიფო სააგენტოს მიმართ გამოთქმულ ბრალდებებს რელიგიური კონფესიის წარმომადგენლები გამოეხმაურნენ.
შვიდი რელიგიური ორგანიზაცია მათ საქმიანობაში რელიგიის სააგენტოს ჩარევას უარყოფს. ერთობლივი განცხადება, დღეს, საქართველოს საპატრიარქოს, მუსლიმთა სამმართველოს, სომეხთა მართლმადიდებლური ეკლესიის, ასევე ევანგელურ –პროტესტანტული, ევანგელურ-ბაპტისტური ეკლესიების, იეზიდთა სასულიერო საბჭოსა და ებრაელთა კავშირის წარმომადგენლებმა გააკეთეს.
ისინი ამბობენ, რომ რიგი გადასაჭრელი საკითხები და აზრთა სხვადასხვაობა არსებობს, თუმცა ეს დაპირისპირების საფუძველს არ ქმნის. არასამთავრობო ორგანიზაციების მიერ გაჟღერებულ ბრალდებებს, მათ საქმიანობაში ხელისუფლების წევრების ჩართულობის შესახებ, რელიგიის სააგენტოსთან კოორდინაციაში მყოფი სასულიერო ლიდერები არ ეთანხმებიან.