ყოველწლიურად სოლიდური თანხის ხარჯვის მიუხედავად, მოუწესრიგებელი საკანალიზაციო სისტემა და დაბინძურებული მტკვარი დედაქალაქის ერთ-ერთ გამოწვევად რჩება.
თბილისის დასახლებების ნაწილი ქალაქის ერთიან საკანალიზაციო ქსელს მიერთებული არ არის, რის გამოც ფეკალური მასები ადგილობრივების მიერ მოწყობილ ორმოებში ან პირდაპირ მტკვრის შენაკადებსა და ხევებში ჩაედინება, საბოლოოდ კი მტკვარში ხვდება.
შედეგად მდინარის დაბინძურების მაჩვენებელი კრიტიკულ ნიშნულზეა.