Coop accidentalmente se teletransporta directamente al Karrajor, el Glorft Mothership, y ahora Kiva y Jamie tienen que averiguar cómo pilotear a Megas para salvarlo. Lo hacen bien al principio, pero finalmente se estrellan contra la nave nodriza de Glorft y se consiguen - y Megas - capturados. Afortunadamente, Gorrath tolamente le permite a Coop conseguir el auto, así que Coop lágrimas a través de la nave, con la intención de rescatar a sus amigos y Megas. Ahora Coop debe rescatar a todo el mundo mientras termina la invasión Glorft de una vez por todas, pero ¿cómo se supone que debe hacer eso cuando la cantidad de Glorft mech supera a Megas y arranca varias partes vitales? Peor aún, los Glorft tienen un nuevo mech, el Karrajor en modo Mech, que es al menos 7 veces más grande que el UMD, lo que plantea la pregunta: ¿cómo va a derrotar a Coop esta nueva amenaza con un Megas dañado críticamente?